Les cédrats sont mentionnés dans les textes assyriens et babyloniens. On les cultivait à Nipour, capitale religieuse des Sumériens, comme fruits sacrés dédiés à Enlil, dieu de la Terre et de l'Atmosphère.

Ils sont cités dans la Bible et par les auteurs classiques. Il est possible que leur culture en Terre Sainte remonte à l’époque du roi Salomon. De toute façon les Hébreux l’ont probablement ramené en Palestine après leur captivité à Babylone, il y a environ 2500 ans. Il y a au moins 2100 ans que l’usage du cédrat est devenu courant au point qu’il a été proposé comme unité de mesure de la même façon que le fruit du caroubier qui a longtemps servi d’unité de poids et a donné le carat. Simon Macchabée, premier roi de la Judée indépendante le choisit pour frapper sa monnaie en 142 av. J.C. Les savants qui accompagnèrent Alexandre le Grand dans son expédition en Perse et en Inde ramenèrent sur les bords de la Méditerranée des graines de plantes alimentaires et médicinales et des noyaux et plants d’arbres inconnus tels que le cédratier, le bigaradier, le bergamotier, le cerisier... Les Romains utilisaient le cédrat en médecine comme contrepoison et comme désinfectant. Une légende rapportée par Théophraste raconte qu’un roi d’Égypte condamna deux hommes à mort par piqûre d’aspic. Une femme donna des cédrats aux condamnés et aucun ne mourut. Curieux et intrigué, le roi fit recommencer le supplice en ne laissant manger du cédrat qu’à un seul des deux condamnés. Celui qui en avait mangé fut sauvé et l’autre mourut très vite après la morsure du serpent.

Delille a traduit en ces termes les vers que Virgile a consacré au cédratier:

Pline l’Ancien qui mourut en 79 lors de l’éruption du Vésuve, cite tout comme Dioscoride et leurs contemporains l’écorce de cédrat parmi une liste de 60 arbres à parfum et plantes aromatiques, importés ou locaux, utilisés ou en fumigations, ou en onctions et huiles aromatiques, ou en gommes et entrant presque tous dans des compositions aromatiques. Pline parle d’huile odorante au cédrat obtenue par macération de fragments d’écorces dans de l’huile d’olive. Dans son Histoire Naturelle, il explique que « ces arbres de Palestine » ont été introduits en Italie mais que lui-même n’en n’aimait pas le fruit. Ce qui n’a pas empêché le cédrat de devenir un produit de luxe dont l’empereur Dioclétien fixa le prix maximum pour une unité à douze fois le prix du melon, soit 24 deniers, un prix exhorbitant!

Les écorces de cédrats appartiennent à la « liste des épices indispensables dans une maison afin que rien ne manque aux assaisonnements » attribuée à Apicus. Pour conserver ces fruits et les faire parvenir dans tout leur empire, les Romains les conservaient dans des jarres remplies de sel, coutume toujours de mise dans le sud de l’Italie.

Nous savons également que le cédrat était utlisé à l'époque à des fins magiques et que cela continua pendant la période médiévale.

Le cédrat joue un rôle important dans la tradition juive et les rabbins ont imposés des normes très strictes sur l'harmonie de la forme, la fraîcheur, la perfection de la peau, l’absence totale de défaut des cédrats destinés à la liturgie. Pour en trouver un de digne d’y figurer il fallait en examiner des centaines pour en trouver un qui corresponde, et les fruits rejetés _ qu'ils soient gros ou petits, cela ne joue pas dans le choix _ alimentaient les marchés.

Lorsque les Juifs se furent rebellés contre les romains en 66 de notre ère, ils furent dispersés dans différentes colonies romaines. Le cédrat jouant un rôle important dans le rituel de leur liturgie, beaucoup des points de chute où ils furent contraints de s’exiler sont devenus des centres de production de cédratiers. Ce fut le cas de l’Espagne méridionale, de la Sicile, de l’Italie, la Tunisie et l’Algérie, le delta du Nil, la Turquie, la Syrie et les côtes du Liban. Là où il n'y avait pas moyen de faire pousser de cédrat qui est un fruit semi-tropical, les gens dépensaient beaucoup de temps et d'énergie pour s'en faire envoyer n'en serait-ce qu'un seul pour toute la communauté.

Aucun autre type d’agrume ne fut cultivé en quantité importante jusqu’au 10e siècle, époque où les Arabes les introduisirent à nouveau en Europe, suite à leurs conquête de l’Espagne et des Balkans.

En Italie, dans le Mezzogiorno, la culture du cédratier, du citronnier et des oranges amères a pris une grande ampleur à partir du 13e siècle pour alimenter les marchés urbains. Au départ ce sont les propriétaires fonciers qui ont imposé à leurs métayers la culture des agrumes en nombre suffisant pour répondre à leurs besoins en fruits.

On les cultive en Corse depuis le 4e siècle de notre ère et la Corse reste un des premiers producteurs pour la confiserie, la confiturerie et la parfumerie. Les fruits confits, et parmi eux le cédrat, connus en Orient, à Rome et dans toute l'Europe médiévale, furent en France dès l'origine une spécialité du Midi où abondaient les vergers. Apt en Haute-Provence reste encore la capitale du fruit confit. Lors du banquet incroyable servi en Avignon pour le couronnement du pape Clément VI en 1344, et offert par le cardnal di Ciccarrio, des fruits confits multicolores furent offerts "pour la bonne bouche " en huitième et dernier service. Les fruits confits, alors parfumés avec force épices faisaient partie des "épices de chambre".

On a beaucoup glosé sur les pommes d'or du jardin des Hespérides offerts par la Terre Mère à Héra et gardées par le berger Atlas et ses filles les Hespérides, sans pouvoir se mettre d'accord sur la nature de ce fruit. Selon le mythe grec, ce jardin était situé au couchant, à l'extrême-occident, là ou commençait l'autre monde, celui des morts. Mauritanie, Maroc, Canaries, Portugal? En tout cas, au-delà des colonnes d'Héraclés ou d'Hercule, c'est-à-dire du détroit de Gibraltar. Si tout le monde est d'accord là-dessus et veut bien admettre que ces fruits d'immortalité dérobés par Heracles ne pouvaient être des oranges inconnues dans ces régions à l'époque, l'opinion des spécialistes reste partagée entre les partisans du cédrat et ceux du coing. La Fontaine penchait dans Psyché pour le cédrat.